Během období 2016–2020, CzeCOS spolupracoval s následujícími zahraničními univerzitami a institucemi:

Aarhus University, Dánsko

Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Německo

Gasmet Technologies Oy, Finsko

The Norwegian University of Life Sciences, Norsko

University of Edinburgh, Velká Británie

University of Granada, Španělsko

University of Iceland, Island

Deutscher Wetterdienst, Hohenpeissenberg Meteorological Observatory, Německo

Forschungszentrum Jülich GMBH, Německo

Magellium, Francie

Christian-Albrechts-Universitaet zu Kiel, Německo

NEON the National Ecological Observatory Network, Inc. (NEON), Spojené státy americké

The Regional Environmental Center for Central and Eastern Europe, Maďarsko

Universität für Bodenkultur, Rakousko

University of Basel, Švýcarsko

Antwerp University, Belgie

Bulgarian Academy of Sciences, Bulharsko

CETIP – Slovak Academy of Sciences, Slovensko

GeoEcoMar, Rumunsko

Institut of Chemistry and Dynamics of the Geosphere (ICG): ICG-3: Phytosphere, Německo

JRC -Joint Research Centre-European Commission, Belgie

National Association for Nature Conservation (ANCON), Panama

National Research Council of Italy (CNR), Itálie

Nepal Academy of Science and Technology (NAST), Nepál

Poznan University of Life Sciences (PULS), Polsko

Remote Sensing Laboratories (RSL), Řecko

Slovak University of Technology in Bratislava, Slovensko

Slovak Hydrometeorological Institute (SHMU), Slovensko

St. Petersburg Institute for Informatics and Automation of the Russian Academy of Sciences, Rusko

Technical University in Zvolen, Slovensko

United Nations University Institute for Integrated Management of Material Fluxes and of Resources, Německo

CREAF, Španělsko

Universita Autonoma de Barcelona, Španělsko

University College Cork, Irsko

University of Energy and Natural Resources, Ghana

University of Helsinki, Finsko

University of Nis, Srbsko

University of Novi Sad, Srbsko

University of Pécs, Maďarsko

University of Rijeka, Chorvatsko

University of Sarajevo, Bosna a Hercegovina

Vietnam National University Ho Chi Minh City – University of Science, Vietnam

Vietnam Academy of Science and Technology (VAST), Institute of Tropical Biology, Vietnam

ZALF, Německo

Helmholtz Centre for Environmental Research – UFZ, Německo

Max Planck institute, Německo

Ruhr-Universität Bochum, Německo

Slovak Agricultural University in Nitra, Slovensko

SPECTRA Centre of Excellence EU UM STU, Slovensko

Swedish University of Agricultural Sciences, Švédsko

U.S. Department of Agriculture, Spojené státy americké

Umweltbundesamt GmbH (UBA-GmbH), Rakousko

University of Agriculture in Krakow, Polsko

University of Copenhagen, Dánsko

Norwegian Institute for Water Research, Norsko

University of Technology Sydney, Austrálie

University of Waterloo, Kanada

Federal Ministry of Agriculture, Regions and Tourism, Rakousko

ICOS ERIC, Finsko

International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN), Švýcarsko

National Research Foundation of South Africa, Jihoafrická republika

Norges forskningsrad, Norsko

Orszagos Meteorologiai Szolgala, Maďarsko

Siberian Federal University, Rusko

Slovenian Environment Agency, Slovinsko

Thuenen Institute, Německo

University of Zagreb, Faculty of Forestry, Chorvatsko

Panama University, Panama

University of Naples Federico II, UNINA, Itálie

Yerevan University, Arménie

Carl von Ossietzky Universität Oldenburg, Physics – ForWind, Německo

Carpathian Development Institute, Slovensko

Centraal Bureau Voor De Statistiek, Nizozemsko

Institute of Plant and Animal Ecology, Ural Russian Academy of Sciences, Rusko

Národné lesnícke centrum, Slovensko

Technical University Dresden, Německo

University College Dublin, Irsko

Wageningen University, Nizozemsko

Aalto University, Department of Built Environment, Finsko

Pontificia Universidad Católica de Chile, Chile

Université Amadou Mahtar MBOW, Senegal

University of Birmingham, School of Geography, Earth and Environmental Sciences, Spojené království

National Statistical Committee of the Kyrgyz Republic, Kyrgyzstán